Les directions :
- Direction générale (DG)
- Secrétariat Général (SG)
- Direction de l'Offre de Soins et de l'Autonomie (DOSA)
- Direction Santé Publique (DSP)
- Direction des Affaires Financières et Comptables (DAFC)
- Direction du Pilotage, de la Stratégie et des Parcours (DPSP)
- Direction des Financements (DFIN)
- Direction des territoires (DDT - voir organigramme général)
- Santé Publique France (SPF) en région Nouvelle-Aquitaine
- Centre de ressources national (CRN) en appui aux ARS ultramarines
Les délégations départementales (DD) :
- Charente (DD16)
- Charente-Maritime (DD17)
- Corrèze (DD19)
- Creuse (DD23)
- Dordogne (DD24)
- Gironde (DD33)
- Landes (DD40)
- Lot-et-Garonne (DD47)
- Pyrénées-Atlantiques (DD64)
- Deux-Sèvres (DD79)
- Vienne (DD86)
- Haute-Vienne (DD87)