Inspectrice de formation, elle est diplômée de l’Institut d’Études Politiques (IEP) de Toulouse en 2000 et a ensuite obtenu son diplôme de l’École des Hautes Études en Santé Publique (EHESP) de Rennes en 2003.
Aurélie Guillout a exercé les fonctions d’inspectrice à la Direction départementale des affaires sanitaires et sociales de Moselle (2003-2006), puis à la Direction départementale des affaires sanitaires et sociales du Loiret (2006-2010).
C’est à partir de 2010, qu’elle rejoint les Agences régionales de santé, avec une première expérience en tant que responsable de l’unité démocratie sanitaire et projet régional de santé à l’ARS Centre Val-de-Loire (2010-2013).
En septembre 2013, Aurélie Guillout intègre l’ARS Aquitaine, à Bordeaux, en tant que responsable du pôle autorisation et contractualisation (2013-2015).
Après la fusion des régions en 2016, elle devient responsable du pôle qualité, sécurité des soins, des accompagnements et des produits de santé de l’ARS Nouvelle-Aquitaine (2016-2021).
Elle rejoint la délégation départementale du Lot-et-Garonne en tant que directrice-adjointe, et responsable du pôle animation territoriale et parcours de soins en 2021.
Avec plus de 20 ans d’expérience dans le pilotage et la mise en œuvre des politiques sociales, sanitaires et médico-sociales au sein des services de l’Etat au niveau départemental et régional, sa nomination en tant que directrice de la délégation départementale du Lot-et-Garonne de l’ARS Nouvelle-Aquitaine s’inscrit dans le prolongement de son parcours.